Wschodnie i północne obszary występowania mogły podlegać trzem kolonizacjom polodowcowym.
Morfologia Długość ciała (bez ogona) 285–430 mm, długość ogona 55–86 mm, długość ucha 90–110 mm, długość tylnej stopy 90–110 mm, masa ciała 1,1–1,9 kg. Zająca nadrzecznego charakteryzuje mały rozmiar, stosunkowo długie uszy i jasna sierść. Czaszka nieco mała z wąskim nosem, tylna część kości nosowej płaska i prosta, o dobrze rozwiniętych gałkach ocznych. Ich futro w szacie letniej jest proste, a grzbietowa część ciała jest piaskowo-żółte lub piaskowo-brązowe, zmieszana z jasnoszarymi bokami, brzuszna część jest całkowicie biała. Zewnętrzne strony przednich i tylnych nóg są piaskowo-żółte, a wewnętrzne strony są białe. Ogon u góry jest dymno-szary, z białawym lub kremowo-żółtawym odcieniem na spodzie i po bokach. Futro w zimowej szacie jest jaśniejsze, a wierzchnia warstwa ma jasnobrązowy kolor piaskowy. Od zajęcy pustynnego i wełnistego odróżnia go brak czarnego koloru na końcach uszu i szarego koloru na zadniej części ciała, jest on także mniejszy rozmiarem i ma cieńsze nogi.