W latach 1998–2007, za sprawą dotacji z Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, w ośrodku dokonano modernizacji kwater karmowych, remontu ogrodzeń, paśników, wodopojów, budynków gospodarczych i mieszkalnych, zakupu ciągnika z przyczepą, maszyn do zbioru siana, czy też zbiorników do przechowywania paszy, a przede wszystkim dokonano wybudowania odłowni oraz powiększenia ośrodka o dodatkową kwaterę bytową z całą infrastrukturą towarzyszącą (paśnik, wodopój, stanowiska karmowe) o powierzchni 18 hektarów.
W roku 2023, tuż za południowym ogrodzeniem ośrodka, przy kwaterze bytowej nr 5, zbudowany został podest do obserwacji żubrów.
Kierunki przesiedleń Niepołomickie żubry dały początek stadu w Bieszczadach, w Supraślu czy ZOO w Gdańsku.
Do Ośrodka Hodowli w Smardzewicach, w latach 1949–1964 przekazano łącznie 22 żubry, a do Ośrodka w Pszczynie, w latach 1955–1967, 14 żubrów. W Bieszczady, w latach 1963–1976, wywieziono 33 osobniki, do Nadleśnictwa Borki, w tym do Puszczy Boreckiej, w latach 1956–2006, 17 osobników. 2 żubry trafiły w roku 2008 do Nadleśnictwa Łobez i Dobrzany, 3 w latach 1993–2003 do OKL Gołuchów, a 2 w latach 1955–2003 do Puszczy Białowieskiej.