Pierwsze zwierzęta linii białowieskiej przyszły w ośrodku na świat w roku 1979, a żubry linii białowiesko-kaukaskiej zostały ze stada wyeliminowane.
W roku 1979, za sprawą decyzji Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego, ośrodek przekazany został w zarząd Ojcowskiemu Parkowi Narodowemu, a kierownikiem został Stanisław Wiktorowicz (pełnił on tę rolę do roku 1998).
W latach osiemdziesiątych XX wieku wymieniono pokrycia dachowe obiektów kubaturowych znajdujących się na terenie ośrodka.
Pomiędzy rokiem 1982 a 1986 w hodowli panowała tajemnicza choroba powodująca biegunki i odwodnienia żubrów, z powodu której padło łącznie 11 zwierząt. Podejrzewa się, że chorobę wywoływał wirus BVD/MD, którego obecność stwierdzono u padniętego w krakowskim ZOO byka przekazanego z ośrodka w roku 1983.
III Rzeczpospolita Na początku lat dziewięćdziesiątych XX wieku w ośrodku wybudowano m.in. magazyny na paszę.
W roku 1998, za sprawą rozporządzenia Rady Ministrów w sprawie Ojcowskiego Parku Narodowego, ośrodek przeszedł pod zarząd Nadleśnictwa Niepołomice, w którego gestii pozostaje do dziś.