W roku 1954, gdy ośrodek zamieszkiwało już 28 żubrów, z powodu epizootii pryszczycy padło 9 żubrów (5 cielaków, 3 dorosłe krowy i 1 byk). W ciągu roku na świat przyszło jednak 9 nowych cieląt, co pozwoliło nawet, w kolejnych dwóch latach, na przekazanie do ośrodka w Pszczynie łącznie 2 krów, 3 cielaków i 1 byka (w ośrodku tym, w wyniku epizootii tej samej choroby, padły wszystkie żubry).
W 1955 roku, na mocy Zarządzenia Ministra Leśnictwa, powołano do życia Ośrodek Hodowli Rzadkich Zwierząt w Niepołomicach, na którego czele stanął inż. Tadeusz Ewert (pełnił on tę rolę do roku 1974). Kolejnym kierownikiem ośrodka został Bogdan Neyman (pełnił on tę funkcję do roku 1978).
Na przełomie lat sześćdziesiątych i siedemdziesiątych XX wieku ośrodek został powiększony od południa o dwie kwatery bytowe o łącznej powierzchni 26 hektarów, a jego ogrodzenie zostało wymienione na betonowe.
W latach 1976–1978 do ośrodka sprowadzono z Białowieży i Pszczyny 10 żubrów (8 krów i 2 byki), które reprezentowały linię białowieską. Były to pierwsze żubry tej linii w niepołomickiej hodowli, w której do tej pory hodowano wyłącznie żubry linii białowiesko-kaukaskiej.