Podobnie jak inne zające, nie kopie sobie nory, lecz kryje się w płytkim zagłębieniu.
Rozród Samice rodzą do trzech miotów rocznie, zazwyczaj w każdym miocie jest od trzech do dziesięciu młodych.
Zależności międzygatunkowe W południowo-zachodnim Pamirze i obszarów granicznych między Kotliną Kaszgarską a Pamirem zając pustynny z podgatunku pamirensis krzyżuje się z zającem nadrzecznym z powodu nakładających się lub sąsiadujących obszarów. Strefa hybrydowa znajduje się między oba gatunkami wzdłuż granicy między Pamirem a Kotliną Kaszgarską, co skutkuje pewnym stopniem introgresji genetycznej i nieodróżnialnymi cechami morfologicznymi w morfologii zewnętrznej tych zajęcy. Według badań z 2024 roku mając południowo-zachodnią Kotlinę Kaszgarską jako schronienie zając nadrzeczny mógł migrować i rozprzestrzeniać się wielokrotnie w swojej historii ewolucyjnej, powodując hybrydyzację między gatunkami zająców, co prowadziło do introgresji genów i skutkowało mieszanymi relacjami między zającami na południowo-zachodnim Pamirze i jego okolicach.