3 stycznia 1942 roku siły japońskie zdobyły Labuan bez przeszkód podczas bitwy o Borneo. Japończycy rozwinęli na wyspie dwa lotniska (Labuan i Timbalai), które zostały zbudowane przez robotników zwerbowanych z regionów Lawas i Terusan na głównej wyspie Borneo. Ludność wyspy również była poddawana surowej polityce okupacyjnej. Po tym, jak japońskie siły stłumiły bunt w mieście Jesselton pod koniec 1943 roku, któremu przewodzili cywile pochodzenia chińskiego, 131 rebeliantów było przetrzymywanych na Labuanie. Tylko dziewięciu z nich przeżyło i zostało wyzwolonych przez siły australijskie w 1944 roku. Do połowy 1944 na Borneo stacjonowało niewiele japońskich jednostek bojowych.
W marcu 1945 roku I Korpus Armii Australijskiej, którego głównymi elementami bojowymi były doświadczone 7. i 9 Dywizja, otrzymał zadanie wyzwolenia Borneo. Planowanie ofensywy trwało przez następne tygodnie. Chociaż inwazja na obszar Zatoki Brunei nie była częścią początkowego planu, dodano ją na początku kwietnia po anulowaniu proponowanego lądowania na Jawie. Głównym celem ataku na Zatokę Brunei było stworzenie z niej bazy dla Brytyjskiej Floty Pacyfiku (BPF) i przejęcie kontroli nad polami naftowymi oraz plantacjami kauczuku na tym obszarze.