Labuan miał zostać rozwinięty jako baza lotnicza i stanowić część szeregu strategicznych pozycji, które umożliwiłyby aliantom kontrolowanie mórz u wybrzeży okupowanych przez Japończyków, między Singapurem a Szanghajem.
Chociaż wyzwolenie obszaru Brunei zostało autoryzowane przez amerykańskie Kolegium Połączonych Szefów Sztabów, nie poparł go Komitet Szefów Sztabów Wielkiej Brytanii. Brytyjskie kierownictwo nie chciało, aby BPF została odciągnięta od głównego teatru działań u wybrzeży Japonii i wolało utworzyć bazę dla floty na Filipinach. W odpowiedzi na sugestię Kolegium Szefów Sztabów, że Zatoka Brunei mogłaby wspierać przyszłe operacje w Azji Południowo-Wschodniej, Komitet Szefów Sztabów uznał, że tworzenie tam obiektów zajęłoby zbyt dużo czasu, zwłaszcza że Singapur mógłby zostać odbity do czasu ich ukończenia.
Przygotowania Plany aliantów Plany inwazji na Borneo znacznie ewoluowały w kwietniu. Początkowo ofensywa miała rozpocząć się 23 kwietnia lądowaniem brygady z 6 Dywizji na wyspie Tarakan, u wschodnich wybrzeży Borneo. Następnie 9 Dywizja miała zaatakować Balikpapan, a potem Banjarmasin w południowo-wschodnim Borneo. Pozycje te miały być użyte do wsparcia inwazji na Jawę przez pozostałą część I Korpusu.