Początkowo alianci planowali rozpocząć operacje w Północnym Borneo pod koniec maja, ale niedobory środków transportu opóźniły przeniesienie wojsk szturmowych do ich bazy postojowej na wyspie Morotai i spowodowały opóźnienie operacji do początku czerwca.
Siły przeciwników Alianci skierowali łącznie 29 000–30 000 ludzi do zajęcia Północnego Borneo, przy czym większość sił lądowych stanowiła australijska 9 Dywizja Piechoty pod dowództwem gen. mjr George’a Woottena. 9 Dywizja składała się z trzech brygad — 20., 24. i 26 Brygady — jednak w czasie operacji na Północnym Borneo 26 Brygada była zaangażowana na Tarakanie, po odłączeniu się od dywizji w maju 1945 roku, więc tylko dwie brygady zostały przydzielone do operacji w Północnym Borneo. 9 Dywizja była formacją doświadczoną w bojach, której żołnierze wcześniej służyli w Afryce Północnej, na Bliskim Wschodzie i w Nowej Gwinei. Przed kampanią o Borneo dywizja odpoczywała i reorganizowała się na płaskowyżu Atherton w stanie Queensland. Dywizja doświadczyła dużej rotacji personelu po kampanii na półwyspie Huon, ponieważ wielu żołnierzy zostało zwolnionych z przyczyn zdrowotnych lub przeniesionych do innych jednostek.