1 maja 1943 roku awansował na wiceadmirała. W październiku 1944 roku Ōnishi został dowódcą 1 Floty Powietrznej na północnych Filipinach. Chociaż powszechnie uważa się, że opracował taktykę samobójczych ataków powietrznych (kamikaze) na alianckie lotniskowce, projekt ten istniał już wcześniej, a sam Ōnishi pierwotnie sprzeciwiał się mu jako „herezji”. Po utracie Marianów i otrzymaniu rozkazu zniszczenia floty lotniskowców US Navy przed operacją Sho, Ōnishi zmienił swoje stanowisko i nakazał przeprowadzenie ataków samobójczych. Podczas spotkania na lotnisku Mabalacat w pobliżu Manili 19 października 1944 roku Ōnishi, który odwiedził kwaterę główną 201 Korpusu Lotniczego Marynarki Wojennej, powiedział: „Moim zdaniem istnieje tylko jeden sposób, aby nasza skąpa siła dała maksimum efektu – zorganizowanie jednostek uderzeniowych składających się z myśliwców Zero uzbrojonych w bomby 250-kilogramowe. Z nimi każdy samolot uderzy w nieprzyjacielski lotniskowiec… Co o tym myślicie?”.
Ōnishi zwrócił się osobiście do pierwszej jednostki kamikaze i ogłosił, że jej szlachetność ducha uchroni ojczyznę przed ruiną nawet w obliczu klęski.