Po odwołaniu do Tokio 19 maja 1945 roku został wiceszefem Sztabu Generalnego Cesarskiej Marynarki Wojennej Japonii.
Tuż przed końcem wojny naciskał na kontynuowanie walki i powiedział, że poświęcenie 20 milionów kolejnych japońskich istnień uczyni Japonię zwycięską.
Śmierć Ōnishi popełnił rytualne samobójstwo (seppuku) w swojej kwaterze 16 sierpnia 1945 roku po ogłoszeniu kapitulacji Japonii. W liście pożegnalnym przeprosił około 4000 pilotów, których wysłał na śmierć, i wezwał wszystkich młodych cywilów, którzy przeżyli wojnę, do pracy na rzecz odbudowy Japonii i pokoju między narodami. W związku z tym nie posłużył się kaishakunin, sekundantem, który zwykle skraca konanie przez ścięcie głowy mieczem, i umierał w wyniku zadanych sobie ran przez 15 godzin.
Miecz, którym Ōnishi popełnił samobójstwo, znajduje się w Muzeum Yūshūkan w świątyni Yasukuni w Tokio. Prochy Ōnishiego podzielono pomiędzy dwa groby: jeden w świątyni zen Sōji-ji w Tsurumi w Jokohamie, a drugi na publicznym cmentarzu w jego rodzinnej miejscowości, dawnej wsi Ashida w prefekturze Hyōgo.
Przypisy