Epoka prekolumbijska Tereny Kostaryki zostały zasiedlone przez Mezoamerykanów już w epoce paleoindiańskiej. Wg badań językoznawczych i genetycznych większość mieszkańców dzisiejszej Kostaryki (a zwłaszcza jej wschodniej części) w czasach prekolumbijskich posługiwała się językami czibczańskimi. To właśnie m.in. na terytorium Kostaryki (konkretniej w jej południowo-wschodniej części, a także w części Panamy) używano języka praczibczańskiegoGold and Power in Ancient Costa Rica, Panama and Colombia; Dumbarton Oaks Research Library i Collection Washington, D. C..
W epoce prekolumbijskiej na terenach znacznej części dzisiejszej prowincji Guanacaste zamieszkiwali przedstawiciele tzw. kultury Nicoya. Historię tej kultury dzieli się na 6 okresów mających miejsce w latach 12 tys. p.n.e–1550 n.e (czyli do przybycia na te ziemie Hiszpanów). Od co najmniej 500 roku p.n.e przedstawiciele kultury Nicoya uprawiali ziemię, w czym przydawała się żyzność tego obszaru. Z tą kulturą związane jest m.in. tzw. , które wbrew swej nazwie nie było państwem, lecz określeniem tamtejszego rdzennego ludu. Wśród rdzennych Kostarykanów rozwijało się także złotnictwo, do którego używano m.in. stopu tumbaga. Ichnie wyroby przypominały te tworzone przez rdzenną ludność Panamy i Kolumbii.