W czerwcu 1999 roku nowym prezesem klubu został Andreas Warsitz. W 2004 roku Hansa zdobyła Puchar Nadrenii Północnej-Westfalii. W 2006 roku pierwszy zespół po remisie 4:4 z KS Gelsenkirchen zapewnił sobie awans do 2. Bundesligi, jednakże w sezonie 2006/2007 Hansa spadła z ligi. Po powtórnym awansie w 2008 roku zakontraktowano takich szachistów, jak Siergiej Kasparow i Héðinn Steingrímsson, a także zawodników z tytułem mistrza międzynarodowego. W 2011 roku klub zajął drugie miejsce w 2. Bundeslidze, awansując do Bundesligi. W sezonie 2012/2013 nastąpił spadek do 2. Bundesligi. Ponowny awans do najwyższej niemieckiej klasy rozgrywkowej nastąpił w 2014 roku. W sezonie 2014/2015 Hansa zajęła jedenaste miejsce w lidze, a rok później dwunaste – spadkowe. W 2022 roku Hansa spadła do Oberligi. Rok później zespół z przyczyn finansowych oraz zmniejszonego zainteresowania podjął decyzję o wycofaniu się z udziału w turniejach na poziomie profesjonalnym.