Władysław Gomułka wspominał po latach: „Trzeba też kompletnie nic nie wiedzieć o charakterze Mołojców zwłaszcza Bolesława, by dopuścić możliwość przesłuchiwań jego samego, oraz jego brata Zygmunta na temat okoliczności zabójstwa Nowotki. Jakikolwiek krok podjęty w tym kierunku przekreśliłby możliwość prowadzenia nie mówiąc już o konsekwencjach, jakie wyciągnęliby bracia Mołojcowie w stosunku do tych, którzy chcieliby ich przesłuchać w sprawie zabójstwa Nowotki. Nie ulega dla mnie najmniejszej wątpliwości, że zapłaciliby za to swoim życiem”.
Półtora miesiąca po likwidacji Bolesława, w połowie lutego 1943, wykonano wyrok na Zygmuncie Mołojcu, przygotowując intrygę. Franciszek Jóźwiak, szef sztabu Głównego Gwardii Ludowej, wysłał Zygmunta Mołojca wraz z jego narzeczoną-łączniczką Marylką w teren, do obwodu radomsko-kieleckiego GL, m.in. pod pretekstem przeprowadzenia inspekcji. Miejscowy sekretarz PPR został wcześniej wezwany do Warszawy, gdzie poinformowano go o sprawie Nowotki i uzgodniono wykonanie wyroku na Zygmuncie Mołojcu. Sekretarz wyznaczył ludzi i wiejską chatę na spotkanie z Zygmuntem. Przesłuchany tam Zygmunt: „W pierwszej chwili nie chciał się przyznać, lecz wobec faktów przyznał się, nie wnosząc nic nowego do tego, co nam wiadome”. Do dziś nie wiadomo, gdzie znajdują się jego zwłoki.