W marcu 1950 roku klasztor w Valley Falls został zniszczony przez pożar, co zmusiło wspólnotę do przeniesienia się do klasztoru św. Józefa w Spencer, Massachusetts. Niedługo po przenosinach ojciec Keating ciężko zachorował na chorobę płuc i spędził dziewięć tygodni w izolatce w szpitalu w Worcester. Po powrocie do klasztoru pozostał w infirmerii jeszcze przez dwa lata.
W 1958 roku został wysłany do Snowmass w stanie Kolorado, aby pomóc w zakładaniu nowej wspólnoty monastycznej św. Benedykta. Tam przebywał do 1961 roku, kiedy to został wybrany opatem klasztoru św. Józefa w Spencer. Pełnił tę funkcję przez dwadzieścia lat, aż do przejścia na emeryturę w 1981 roku. Po zakończeniu posługi opata, powrócił do Snowmass. Spędził tam resztę życia, z wyjątkiem ostatnich miesięcy, gdy z powodów zdrowotnych ponownie zamieszkał w klasztorze św. Józefa.
O. Thomas Keating zmarł 25 października 2018 roku w klasztorze św. Józefa w Spencer, Massachusetts, mając 95 lat. Jego życie i działalność miały znaczący wpływ na odrodzenie tradycji kontemplacyjnej w chrześcijaństwie oraz na rozwój dialogu międzyreligijnego.