Harcerze warszawscy prowadzili mały sabotaż w organizacji Wawer. Uczestnicy Grup Szturmowych przeprowadzili wiele spektakularnych akcji dywersyjnych i bojowych: m.in. wysadzano tory kolejowe, odbito więźniów 26 marca 1943 w Akcji pod Arsenałem oraz 20 kwietnia w Celestynowie, a 1 lutego 1944 dokonano zamachu na Kutscherę. Organizowano akcję „M” dla młodzieży niezrzeszonej i prowadzono kursy szkoły podchorążych Szarych Szeregów. Pracę konspiracyjną prowadziła też Chorągiew Harcerek.
Działalność warszawskiego harcerstwa w okresie okupacji opisano w wielu książkach, wydawnictwach i artykułach, m.in.: Aleksander Kamiński (pierwsze wydania pod pseudonimem Juliusz Górecki) Kamienie na szaniec, . Aleksander Kamiński Zośka i Parasol. Opowieść o niektórych ludziach i niektórych akcjach dwóch batalionów harcerskich Grzegorz Nowik Straż nad Wisłą (trzy tomy); Wydawnictwo Rytm, 2002, .
Upadek powstania warszawskiego przyniósł kres działalności Chorągwi Warszawskiej w konspiracji.