Po Praskiej Wiośnie w 1968 roku Kościołowi udało się odzyskać prawa utracone w roku 1950. Zezwolono adwentystom nie pracować w sobotę, zaczęto ponownie wydawać czasopismo kościelne, utworzono seminarium duchowne. Choć część tych praw zniesiono po interwencji Układu Warszawskiego w sierpniu 1968 roku, stan życia nie powrócił do stanu sprzed 1968 roku. Nadal zdarzały się pojedyncze przypadki prześladowań adwentystów w związku z pełnieniem służby wojskowej, pracą kaznodziei, przy organizowaniu imprez dla dzieci i młodzieży, działalnością publiczną czy możliwością zdobycia wykształcenia średniego i wyższego, ale oficjalnie Kościół był tolerowany. W 1969 roku zezwolono adwentystom na wydawanie czasopisma „Znaki Czasu”.
thumb|Zbór we Vsetínie Po transformacji ustrojowej w 1989 roku Kościół funkcjonował w nowych, wolnych warunkach i angażował się w wydarzenia publiczne, głównie poprzez działalność humanitarną swojej organizacji ADRA (Adventist Development and Relief Agency), wykłady i kursy biblijne dla ludności, edukację na temat zdrowia i stylu życia, czy proponowanie zdrowego trybu życia. W latach 90. Kościół doświadczył napływu nowych członków, powstania szeregu nowych zborów i wyrwał się ze społecznej izolacji.