Pomimo prześladowań adwentyści nadal potajemnie gromadzili się na nabożeństwach religijnych. Od 1954 roku toczyło się postępowanie przeciwko kaznodziejom adwentystycznym, zakończone latem 1955 roku procesem siedmiu słowackich kaznodziejów skazanych na kary więzienia od 2 do 7 lat. Państwo wywierało presję na członków Kościoła m.in. poprzez groźbę karania ich dzieci za nieobecność w szkole w soboty. Co najmniej 6 dzieci adwentystów zostało odebranych rodzicom na mocy postanowienia sądu ze względów religijnych i umieszczonych w placówkach opiekuńczych. Niekontrolowana działalność tego kościoła stopniowo stawała się większym złem dla reżimu komunistycznego, dlatego partia zdecydowała się wycofać ze swojej decyzji, a Komitet Centralny Komunistycznej Partii Czechosłowacji w październiku 1955 roku zezwolił na renowację kościoła. Po przywróceniu działalności kościoła w 1956 roku majątek został skonfiskowany przez państwo, a przywódcy kościoła musieli obiecać, że dzieci adwentystów zaczną w sobotę chodzić do szkoły. Pomimo tego adwentyzm w Czechosłowacji nadal wzrastał liczebnie, choć nieznacznie.