Pod koniec lat dwudziestych pod wpływem niemieckich adwentystów Kościół rozpoczął działalność charytatywną, próbując złagodzić skutki rozpoczynającego się kryzysu gospodarczego.
Podczas II wojny światowej gestapo zamknęło wydawnictwo kościelne, a trzech czeskich adwentystów zginęło w obozach koncentracyjnych. Z wyjątkiem zborów cieszyńskich i kilku innych, kościół mógł jednak odprawiać nabożeństwa przez całą wojnę. Powojenne wypędzenie Niemców sudeckich, wraz z którymi około 1000 adwentystów narodowości niemieckiej opuściło Czechosłowację, bardzo drastycznie zmniejszyło liczbę członków kościoła w Czechosłowacji, ale późniejsze powojenne sukcesy misyjne zrekompensowały tę stratę. W 1946 roku w Pradze założono Wyższą Szkołę Studiów Biblijnych.
thumb|Zbór w Bohuminie Po II wojnie światowej rozwój Kościoła został zahamowany na skutek ograniczeń ze strony reżimu komunistycznego. W 1950 roku zamknięto Szkołę Biblijną, w roku następnym zmuszono do ustąpienia dotychczasowe kierownictwo Kościoła. Naciski administracji państwowej na adwentystów, aby porzucili zwyczaj niepracowania w sobotę, a także nieposyłania w tym dniu dzieci do szkoły, osiągnęły kulminację w 1952 roku, kiedy to na mocy interwencji administracyjnej państwo przejęło nieruchomości Kościoła.