1979–2001 mały|Wnętrze muzeum (2008) W 1979 roku w muzeum mieściło się około 100 tys. eksponatów. Do muzeum trafiło 22 tys. złotych przedmiotów z Królestwa Greko-Baktryjskiego odkrytych przez afgańskich i radzieckich archeologów. Z powodu radzieckiej interwencji w Afganistanie nigdy nie zostały wystawione. Ze względu na działania wojenne budynek został przejęty przez , więc wszystkie eksponaty przewieziono do domu brata Mohammada Dauda Chana. Po półtora roku ekspozycja wróciła do poprzedniego budynku. mały|Wejście do muzeum (2013) W związku z obawami władz o bezpieczeństwo eksponatów jesienią 1989 roku muzeum zostało zamknięte; większość z dóbr została schowana w skarbcu Banku Afganistanu (tak się stało z przedmiotami z czasów baktryjskich) oraz w siedzibie . W 1993 roku w ramach działań wojennych został uszkodzony dach budynku oraz piętro – wśród utraconych dóbr znalazło się między innymi malowidło datowane na IV lub V wiek. Na początku 1994 roku w ramach Programu Narodów Zjednoczonych ds. Osiedli Ludzkich zabezpieczono piętro, zamurowano okna oraz zainstalowano stalowe drzwi, jednak te działania nie rozwiązały problemu grabieży. W tym samym roku pracownicy paryskiego Musée Guimet skorzystali z grantu UNESCO, w ramach którego pomagali personelowi Muzeum Narodowego w inwentaryzacji zachowanych eksponatów.