Zostały one schowane w opuszczonym hotelu położonym w centrum Kabulu, który posłużył także jako miejsce zakwaterowania dla 71 pracowników kabulskiego muzeum. Do połowy lat 90. XX wieku zniszczeniu lub kradzieży uległo aż 70% zbiorów muzeum.
Po dojściu talibów do władzy zamknięto teren hotelu oraz zakazano pracownikom muzeum wstępu do ich miejsca pracy, ci jednak kontynuowali inwentaryzację w latach 1997–2000, która była wspierana przez wiceministra informacji i kultury. Schowane w hotelu przedmioty przetransportowano do budynku tegoż ministerstwa, ponadto przeprowadzono renowację budynku muzeum. W czerwcu 2000 roku afgański przywódca Mohammad Omar wydał dekret, na mocy którego wszystkie dobra kulturowe i historyczne znajdujące się na terenie Afganistanu podlegają ochronie, dwa miesiące później oficjalnie otwarto jedno pomieszczenie w budynku muzeum, gdzie ekspozycja była dostępna jedynie przez cztery dni. Jednocześnie w Bazylei założono muzeum na emigracji, którego celem było gromadzenie przedmiotów historycznych i ich potencjalny zwrot do Afganistanu. Pod koniec 2000 roku opracowano wykaz zachowanych eksponatów, który objął 7 tys. pozycji, jednak nie uwzględniono w nim obiektów przechowywanych w muzealnej piwnicy.