26 lutego 2001 roku Omar cofnął swój dekret, co pozwoliło talibom na zdewastowanie prawie 3 tys. eksponatów przedstawiających żywe istoty. Dobra te były uważane przez ówczesne władze afgańskie za profanację islamu. Pracownicy Ministerstwa Informacji i Kultury, którzy wspierali działania na rzecz muzeum, zostali przeniesieni do pracy w innych resortach. Talibom nie udało się uzyskać dostępu do skarbca Banku Afganistanu, którego zawartość wróciła do muzeum w 2003 roku, niedługo po upadku Islamskiego Emiratu Afganistanu. Po zmianie władzy Francuska Delegacja Archeologiczna w Afganistanie wznowiła swoją działalność, a budynek muzeum został odrestaurowany.
Po 2001 Od 2004 roku zbiory Muzeum Narodowego w Kabulu były wystawiane m.in. we Francji, Kanadzie, Niemczech, Stanach Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii. W marcu 2007 roku do muzeum przekazano kilkaset starożytnych przedmiotów, które wcześniej przechowywano na terenie Szwajcarii. W styczniu 2012 roku zwrócono rzeźbę pochodzącą z II wieku, która podczas radzieckiej interwencji została zrabowana, a następnie znajdowała się na terenie Niemiec. Rzeźba przedstawia osiem osób patrzących w lewą stronę, podało, że pochodzi ona z Gandhary. W lipcu tego samego roku do muzeum wróciły 843 kolejne eksponaty, w tym m.in.