Później, do krakowskiego klasztoru trafiały zabytki pochodzące ze skasowanych klasztorów z dawnych Kresów Wschodnich, nadto podczas kolejnych badań archeologicznych na terenie klasztoruAnna Bojęś-Białasik, Dariusz Niemiec, Kościół i klasztor Dominikanów w Krakowie w świetle badań archeologiczno–architektonicznych w latach 2010–2012 [w.] Sztuka kręgu krakowskich Dominikanów, op. cit. s. 257–315.. Ważną rolę w powstaniu muzeum odegrał o. Adam Studziński, który przez cztery dekady zajmował się gromadzeniem zabytków i dbaniem o najcenniejsze obiekty, prowadził także własną pracownię konserwatorską w obrębie krakowskiego klasztoru, która przed 2022 r. została włączona w przestrzeń obecnego muzeumOsiem wieków historii.... Uroczyste otwarcie Muzeum Dominikanów miało miejsce 24 listopada 2022; w styczniu następnego roku zostało oficjalnie udostępnione dla zwiedzających.