Do najcenniejszych zbiorów muzeum należą m.in.: zespół ceramicznych płytek posadzkowych z XIII w., zespół kwater witrażowych, w tym cztery najstarsze z XIII-XIV wieku przedstawiające świętych Stanisława i Augustyna oraz Matkę Boską z Dzieciątkiem i UkrzyżowanieLech Kalinowski, Die ältesten Glasgemälde der Dominikanerkirche in Krakau [in.] Bau- und Bildkunst im Spiegel internationaler Forschung. Festschrift zum 80. Geburstag von Prof. Dr. Edgar Lehmann Präsident des CVMA Nationalkomitees in der DDR, Berlin 1989, s. 114-124Lech Kalinowski, Malarstwo witrażowe [w:] Adam Labuda, Krystyna Secomska (red.), Malarstwo gotyckie w Polsce, Warszawa 2004, t.1, s.191-192. t. 2, s. 131-134 (opr. Helena Małkiewiczówna), t. 3 il. LXVIII-LXXI Dobrosława Horzela (red.) Cud światła. Witraże średniowieczne w Polsce, Kraków 2016, s. 132, nr. 14, 15-16, 51 (opr. Dobrosława Horzela), późnogotyckie alabastrowe figury Jezusa i apostołów z XV w. (warsztat południowoniderlandzki lub północnofrancuski) odnalezione w kościele Św. IdziegoMarek Walczak, A Group of Statuettes in Alabaster from the Dominican Church in Cracow: A Contribution to the Research on Imported Artworks in Central Europe in the Late Middle Ages, Artibus et Historiae, no. 84 (XLII), 2021, pp.