Juanem Bautistą Moralesem OP przetłumaczył na mandaryński słynny dekret Kongregacji Rozkrzewiania Wiary z 1645 zakazujący stosowania rytów chińskich (spór akomodacyjny) oraz prawdopodobnie napisał po mandaryńsku, z pomocą Moralesa i kilku chińskich literatów, traktat teologiczny analizujący znaczenie ofiary według teologii tomistycznej.
W 1660 o. Varo został prowincjałem dominikanów w ChinachBrak informacji do kiedy pełnił tę funkcję. W 1674 prowincjałem dominikanów w Chinach był już o. Raymundo del Valle OP.. Na tym stanowisku w 1661 przewodniczył dominikańskiej konferencji misyjnej w sprawie wypracowania spójnej polityki dominikanów wobec kwestii sporu akomodacyjnego. W celu pogłębienia tematu prowadził wówczas rozmowy z chińską inteligencją o znaczeniu spornych chińskich obrzędów. Po nastaniu prześladowań chrześcijan i deportacji misjonarzy po wybuchu afery kalendarzowejDworski astronom jezuita Johann Adam Schall von Bell w wyniku intrygi przeciwnych chrześcijaństwu eunuchów został skazany na śmierć, oficjalnie za wyznaczenie niekorzystnego dnia pogrzebu cesarza. Cztery lata później cesarz uchylił wyrok. W 1671 zezwolił na powrót wygnanych misjonarzy. w 1664, o. Varo zdołał się ukrywać i prowadzić działalność misyjną do 28 czerwca 1669, gdy został aresztowany, a następnie deportowany do Fuzhou i w 1671 do Kantonu.