W niewoli ukończył swoje słynne dzieło Słownictwo języka mandaryńskiego.
Krótko po przybyciu do Kantonu afera kalendarzowa została rozwiązana i misjonarze mogli wyjeżdżać do innych prowincji. O. Varo wrócił do Fujianu. Władze odmówiły mu jednak zgody na ponowne osiedlenie się w Fu'anie, dlatego zamieszkał w Fuzhou. W 1675 za zgodą władz chińskich powrócił do rejonu Fu'an. W 1684 w te okolice dotarł jeden z pierwszych biskupów mianowanych dla misji w Chinach - François Pallu MEP. O. Varo ze współbraćmi zastosowali się do papieskich dekretów ograniczających władzę zakonów w Chinach, które przedstawił bp Pallu, a następnie złożyli mu przysięgę posłuszeństwa. Postawa ta została skrytykowana przez władze dominikańskie w Manili.
Pisarstwo W kolejnych latach poświęcił się pisaniu.