Warunki glebowo-klimatyczne w gminie są słabe. Krótki okres wegetacyjny, mroźne i śnieżne zimy, wiosenne przymrozki nie sprzyjają rolnictwu. Ponadto, pagórkowaty teren utrudnia zabiegi agrotechniczne i wpływa na szybki spływ powierzchniowy wód opadowych.
Historia Obszar dzisiejszej gminy Bakałarzewo w czasach średniowiecza zamieszkiwali Jaćwingowie (ich rzeźby stoją na rynku w Bakałarzewie). Było to wojownicze plemię prowadzące częste walki ze swymi sąsiadami. Utrzymywali się też ze zbieractwa, myślistwa oraz uprawy ziemi. Swe grodziska mieli na terenie współczesnej Malinówki oraz najpewniej w miejscu kościoła w Bakałarzewie. Nad jeziorem Garbaś są ich kurhany. Z języka jaćwieskiego wywodzą się nazwy: Rospuda (od Dauspuda), Garbaś, Skazdub.
Wojowniczy tryb życia Jaćwingów doprowadził ich do upadku. Sąsiedzi podbili ich tereny i podzielili między siebie. W wyniku traktatu mełneńskiego z 1422 roku na rzece Douspudzie (obecnej Rospudzie) ustalono granicę między Państwem Krzyżackim a Wielkim Księstwem Litewskim. To ostatnie państwo w 1385 roku zawiązało z Polską unię krewską. W związku z tym w 1569 roku powstało potężne wspólne państwo Rzeczpospolita Obojga Narodów. Składało się ono z dwóch części: Korony Polskiej i Wielkiego Księstwa Litewskiego. Bakałarzewo znalazło się w Wielkim Księstwie Litewskim.