Kubizek ukończył studia w 1912 roku i został zatrudniony jako dyrygent w mieście Marburg (dziś Maribor w Słowenii). Jego dalszą karierę pokrzyżował wybuch I wojny światowej. Przed wyjazdem na front ożenił się ze skrzypaczką Anną Funke, z którą miał trzech synów: , Karla i Rudolfa. W czasie wojny służył w rezerwie armii austro-węgierskiej. W 1915 roku został ranny na froncie wschodnim w Eperjes i przewieziony do szpitala w Budapeszcie. Po miesiącach rekonwalescencji Kubizek powrócił na front i rozpoczął służbę w korpusie zmotoryzowanym w Wiedniu. Po wojnie Kubizek przyjął posadę urzędnika w radzie miejskiej Eferding, traktując muzykę jedynie jako hobby.
Około 1920 roku Kubizek przeczytał o Hitlerze w gazecie Münchner Illustrierte. Od tej pory zaczął śledzić karierę polityczną swojego dawnego przyjaciela, choć nie próbował się z nim skontaktować. W 1933 roku Kubizek wysłał Hitlerowi pocztówkę z gratulacjami z okazji nominacji na kanclerza Niemiec. Pół roku później Kubicek otrzymał odpowiedź, w której Hitler napisał, że chętnie odnowi przyjaźń.