Po aneksji Austrii, już jako Führer Rzeszy, w kwietniu 1938 roku Hitler odwiedził Linz. 30 lat po zerwaniu kontaktu z Kubizkiem, obaj spotkali się w hotelu i rozmawiali przez ponad godzinę. Hitler zaproponował swojemu staremu przyjacielowi prominentne stanowisko w orkiestrze, ale Kubizek odmówił. W 1939 roku Hitler zaprosił Kubizka na Festiwal w Bayreuth jako swojego osobistego gościa.
Od 1938 roku Kubizek pisał broszury dla partii nazistowskiej o swojej przyjaźni z przywódcą III Rzeszy z młodzieńczych lat.
Kubizek i Hitler ostatni raz spotkali się 23 lipca 1940 roku. Gdy losy wojny zaczęły obracać się przeciwko Hitlerowi, Kubizek, który wcześniej nie bardzo interesował się polityką, w 1942 roku został członkiem NSDAP, w geście lojalności wobec starego przyjaciela.
W 1945 roku Kubizek zebrał kolekcję pocztówek i innych pamiątek, które Hitler wysyłał mu w młodości i starannie ukrył je w piwnicy swojego domu w Eferding. Wkrótce został aresztowany przez Amerykanów i przetrzymywany w w , gdzie był przesłuchiwany. Wyszedł na wolność w 1947 roku. W 1951 roku opublikował książkę Adolf Hitler, mein Jugendfreund („Adolf Hitler. Mój przyjaciel z młodości”). W 1956 roku Kubizek został mianowany pierwszym honorowym członkiem Towarzystwa Muzycznego Eferdingu.