W Bergamo, gdy został oskarżony o herezję, wystąpił z zakonu i żył jako świecki. Po kilku miesiącach powrócił do życia zakonnego. Następnie podróżował po Europie Zachodniej, uczestnicząc w życiu ówczesnych uniwersytetów. W Genewie pracował jako korektor w drukarni. Wiosną 1579 ostatecznie wystąpił z zakonu, po ogłoszeniu ulotki atakującej poglądy jednego z czołowych genewskich teologów Antoine’a de La Faye’a został 6 sierpnia uwięziony przez kalwińskie władze miasta. Zachowany do dziś akt oskarżenia głosił: Przed Konsystorzem stanął Filippo Bruno, student zamieszkały w tym mieście, który prosi o dopuszczenie go do Wieczerzy, jaka została mu zabroniona, z powodu tego, że obrzucił kalumniami urzędników i regenta kolegium niejakiego Mr. Anthoyne de la Faye. Zwolniony 27 sierpnia udał się do Lyonu, a stamtąd do Tuluzy, gdzie przebywał od jesieni 1579 do jesieni 1581, wykładając swoją filozofię.