Przez następne siedem lat pełnił funkcję biskupa pomocniczego i został mianowany rektorem seminarium (1958–1963) i wikariuszem generalnym.
31 lipca 1963 r., kiedy ustanowiono dwie nowe eparchie obrządku bizantyjsko-rusiński: Pittsburgha i Passaic, biskup Stephen Kocisko został mianowany pierwszym ordynariuszem Passaic. Został zainstalowany przez delegata apostolskiego w Stanach Zjednoczonych, arcybiskupa Egidio Vagnozziego w nowo wyznaczonej .
Nowy ordynariusz organizował administrację nowej eparchii. Stworzył również tygodnik „The Eastern Catholic Life”. Jako aktywny członek drugiej sesji soboru watykańskiego, która rozpoczęła się jesienią 1963 r., biskup Stephen dostrzegł znaczenie wdrażania dekretów soborowych, w tym nakazującemu katolickim Kościołom wschodnim powrót do ich autentycznych tradycji i praktyk.
Po rezygnacji biskupa Nicholasa Elko, Stolica Apostolska mianowała biskupa Stephena biskupem eparchii Pittsburgha 22 grudnia 1967 r. Następnie, gdy 21 lutego 1969 r. papież Paweł VI utworzył rusińską metropolię sui iuris, mianował biskupa Stephena Kocisko jej pierwszym arcybiskupem metropolitą. Eparchia Munhall została podniesiona do rangi archieparchii, a eparchia Passaic została wyznaczona jako jej sufragania.