Bohaterowie W serii występują następujące istotne postacie: – główny bohater Galaxy Express 999, jest ubogim chłopcem pochodzącym z Ziemi, który był świadkiem morderstwa swojej matki z rąk hrabiego Mechy. Ostatnim życzeniem jego umierającej matki było, by posiadł on mechaniczne ciało – w tym celu wraz z Maetel wybiera się on w podróż tytułowym ekspresem. Jest on również wspomniany w mandze z 2014 roku pod tytułem Captain Harlock: Dimensional Voyage. – tajemnicza blond-włosa kobieta towarzysząca Tetsuro w trakcie jego podróży. W rzeczywistości jest ona córką królowej Prometheum, władczyni mechanicznego imperium. W filmie odpowiadała ona za sprowadzanie młodych ludzi do swojego kraju, gdzie byli oni przerabiani na zmechanizowane ludzkie komponenty służące imperium; natomiast w serialowej adaptacji wychowuje ich, by stali się przyszłymi generałami w armii jej matki. Maetel w sekrecie spiskuje ze swoim ojcem, Dr. Banem (którego jaźń jest zamknięta w wisiorku na jej szyi), w celu zniszczenia mechanicznego imperium, co finalnie się udaje (w filmie), zanim Tetsuro zostaje przerobiony. Dusza Maetel jest zamknięta w ciele człowieka-klona i pozostaje w nim, aż stanie się ono stare, po czym przenosi się do nowego ciała.