Następnego dnia Lapp odpływa statkiem, pozostawiając notatkę, w której ujawnia, że jest Bonaventurem De Lissac, adiutantem Napoleona.
Jim jest wściekły, gdy dowiaduje się, że Napoleon uciekł. Proponuje swoje usługi majorowi Elliotowi, do którego szybko dołącza również Jack. Major Elliot trenuje młodych mężczyzn w przygotowaniu do Bitwy pod Waterloo. Francuzi są opisani jako świetnie uzbrojeni i dobrze wyszkoleni żołnierze, w przeciwieństwie do regimentu, w którym służyli Jack i Jim. Reszta powieści w szczegółowy sposób opisuje doświadczenia żołnierzy podczas bitwy pod Waterloo, w której Jim i Jack początkowo obserwują walkę z pół mili, zanim dołączają do niej na samym końcu. Powieść kończy się opisem klęski Francuzów, do której przyczynili się książę Wellington i Gebhard von Blücher.
Tematy i motywy Doyle w Groźnym cieniu porusza kwestie związane z patriotyzmem i moralnością w kontekście wojny. Przez pryzmat postaci głównego bohatera, autor bada dylematy moralne, które towarzyszą ludziom w czasach konfliktów zbrojnych.