Główne zainteresowania naukowe prof. Agaty Stanek obejmują badania nad stresem oksydacyjnym u pacjentów z chorobami reumatycznymi, wpływem krioterapii i kriostymulacji na organizm człowieka, w tym na równowagę prooksydacyjno-antyoksydacyjną, stan zapalny oraz profil lipidowy. Ponadto zajmuje wpływem schorzeń metabolicznych na układ sercowo-naczyniowy. Jest również ekspertem w dziedzinie medycznego obrazowania termograficznego.
Jest autorką licznych publikacji naukowych z zakresu angiologii, w tym prac dotyczących diagnostyki termograficznej w przewlekłej chorobie żylnej oraz zastosowania terapii hiperbarycznej w leczeniu przewlekłych owrzodzeń.
W 2016 roku, jako jedna z pierwszych osób w Polsce, zdała egzamin i otrzymała Europejski Dyplom z angiologii (UEMS – European Diploma in Angiology/Vascular Medicine). W 2021 roku, jako pierwsza osoba z Polski, otrzymała prestiżowy tytuł VAS European Fellow of Excellence in angiology/vascular medicine. Dzięki jej staraniom i międzynarodowemu uznaniu, Katedra i Oddział Kliniczny Chorób Wewnętrznych, Angiologii i Medycyny Fizykalnej w Bytomiu (2021), a następnie Klinika Chorób Wewnętrznych, Metabolicznych i Angiologii w Katowicach (2025) uzyskały międzynarodową akredytację jako Referencyjne Centrum Doskonałości w Dziedzinie Angiologii, przyznaną przez European Independent Foundation