Wszyscy mieszkańcy zostali wykazani jako Polacy wyznania rzymskokatolickiego.
Podczas okupacji niemieckiej położenie Bojan na skraju dużego kompleksu leśnego sprzyjało działalności konspiracyjnej. Według Dymka wieś była zapleczem miejscowych struktur Armii Krajowej, a część mieszkańców uczestniczyła w działalności konspiracyjnej oraz przechowywała broń i amunicję. W 1943 roku niemieckie formacje policyjne i wojskowe przeprowadzały w rejonie Bojan, Udrzyna i Poręby działania przeciwko partyzantom oraz ukrywającym się w lasach osobom.
Szczególnie tragiczne skutki dla mieszkańców Bojan miała pacyfikacja Lipniaka-Majoratu 2 września 1944 roku. W związku ze zbliżaniem się frontu schronili się tam m.in. mieszkańcy Bojan i innych pobliskich miejscowości. Żołnierze niemieccy zamordowali tego dnia 448 osób cywilnych pochodzących z Lipniaka-Majoratu, Bojan, Pecyny Nowej, Wiśniewa, Stoczka, Udrzyna, Nagoszewki, Długosiodła i Brańszczyka. Ofiarami były przede wszystkim kobiety, dzieci i osoby starsze.