Straty Bojan w czasie całej okupacji były większe niż liczba mieszkańców wsi zamordowanych podczas samej pacyfikacji Lipniaka-Majoratu. Według ustaleń Benona Dymka w wyniku niemieckiej okupacji zginęły łącznie 44 osoby z Bojan, z czego 22 stanowiły dzieci, także niemowlęta. Oznaczało to śmierć ponad 23% ówczesnych mieszkańców miejscowości.
Pod koniec sierpnia 1944 roku Bojany znalazły się w strefie bezpośrednich walk niemiecko-sowieckich nad Bugiem. Po zajęciu miejscowości przez Armię Czerwoną pod lasem w Bojanach urządzono rozległy polowy szpital wojskowy. W miejscowości znajdował się również polowy cmentarz żołnierzy sowieckich; po wojnie szczątki poległych zostały ekshumowane i przeniesione na cmentarze wojenne.
II wojna światowa przyspieszyła proces wyludniania miejscowości. W marcu 1943 roku Bojany liczyły 184 mieszkańców, w lutym 1946 roku – 139, w 1950 roku – 113, w 1960 roku – 124, w 1970 roku – 109, a w 1978 roku – 104. W 2008 roku w miejscowości było zameldowanych na stałe 85 osób.