Anny został główną protestancką świątynią parafialną miasta. Pierwsze nabożeństwo odprawiono w 1548. W 1602 wieżę podwyższono i przebudowano według projektu .
8 sierpnia 1629 cesarz Ferdynand II Habsburg pozbawił zawodu wszystkich protestanckich kaznodziejów, kościół zamknięto, a nabożeństwa w następnych latach odprawiano pod gołym niebem. Równouprawnienie między katolikami i protestantami zapewnił w 1648 pokój westfalski kończący wojnę trzydziestoletnią, a świątynia wróciła do funkcji sakralnej. Corocznie od 1650, 8 sierpnia, dla uczczenia wydarzeń z 1629 odmawiane są tu modlitwy o pokój, a dzień ten zwany jest Augsburger Hohe Friedensfest. W 1731 i 1732 wspólnota, dzięki wstawiennictwu proboszcza Samuela Urlspergera, zapewniła opiekę protestantom wygnanym z terenów katolickiej archidiecezji Salzburga przez arcybiskupa Leopolda Antona von Firmiana. W latach 1747–1749 wnętrze kościoła przebudowano w stylu barokowym według projektu Johanna Andreasa Schneidmanna. W 1806 zamknięto zlokalizowany przy świątyni cmentarz.