W swojej długiej historii Shitennō-ji doświadczyła licznych pożarów i zniszczeń w wyniku konfliktów, co skutkowało koniecznością wielokrotnej odbudowy. W okresie Edo, siogunatu Tokugawa wspierał szeroko zakrojone prace restauracyjne, w tym odbudowę „Kociej Bramy” (Nakanomon) w 1623 roku. Podczas nalotów na Osakę w 1945 roku świątynia poniosła poważne szkody. Odbudowa kompleksu miała miejsce w latach 50. i 60. XX wieku. W trakcie rekonstrukcji zastosowano nowoczesną technologię betonową, dążąc jednocześnie do zachowania tradycyjnego projektu architektonicznego z VI wieku.
Architektura
Świątynia, wzniesiona przez księcia Shōtoku dla uczczenia Czterech Niebiańskich Królów, obejmowała cztery instytucje (Shika-in), mające na celu wsparcie rozwoju japońskiego społeczeństwa i podniesienie poziomu cywilizacji. W skład kompleksu wchodziły: Kyōden-in (Instytucja Religii i Edukacji), Hiden-in (Instytucja opieki społecznej), Ryōbyō-in (szpital) oraz Seiyaku-in (apteka), które miały zapewnić wszechstronną pomoc mieszkańcom Japonii.