W czerwcu 1880 Henrietta Bird zmarła na tyfus, pogrążając Isabellę Bird w nieutulonym żalu. Napisała wówczas o siostrze: „wraz z nią zmarły światło i inspiracja mojego życia. Jest tak, jakbym to ja sama odeszła”. W marcu 1881 – nadal w ciężkiej żałobie – poślubiła młodszego o 10 lat lekarza z Edynburga Johna Bishopa. Małżeństwo okazało się udane, więc jego przedwczesna śmierć na serce w 1886 była dla Isabelli Bird Bishop kolejną ogromną stratą osobistą. Także jej stan zdrowia znacznie się pogorszył i lekarze diagnozowali szereg przypadłości, mimo to w 1888 na tyle wróciła do zdrowia, by planować wyjazd do Azji Środkowej. Jej sytuacja finansowa była korzystna, gdyż obok spadków po siostrze i po mężu źródłem dochodu były dobrze sprzedające się książki.
W tym okresie podjęła szereg działań, które miały jej podróżowaniu w odległe rejony świata nadać nowy wymiar – wspieranie tamtejszych misji medycznych. Z rąk pastora Charlesa Spurgeona przyjęła chrzest w rycie reformowanego baptyzmu, deklarując tym samym gotowość prowadzenia w trakcie odbywanych podróży prac misjonarskich.