W półfinale zmierzył się z liderem rankingu ATP, Andym Roddickiem, którego pokonał 7:6(2), 6:2, a w finale ponownie zmierzył się z Agassim, z którym zwyciężył 6:3, 6:0, 6:4. Triumf w turnieju Tennis Masters Cup dał Federerowi awans na 2. miejsce w rankingu ATP na koniec tego sezonu.
2004 +Turnieje wielkoszlemowe w 2004 rokuTurniej wielkoszlemowyZwycięzcaFinalistaWynikAustralian OpenRoger Federer (2)Marat Safin7:6 6:4 6:2Roland GarrosGastón GaudioGuillermo Coria0:6 3:6 6:4 6:1 8:6WimbledonRoger Federer (3)Andy Roddick4:6 7:5 7:6 6:4US OpenRoger Federer (4)Lleyton Hewitt6:0 7:6 6:0 Rok 2004 Szwajcar rozpoczął od tego, że zakończył współpracę ze swoim trenerem, Peterem Lundgrenem. Nie przeszkodziło to jednak Federerowi w osiągnięciu kolejnych sukcesów. W Australian Open Szwajcar dał popis swoich umiejętności – w ćwierćfinale wygrał z Davidem Nalbandianem, z którym przed meczem miał bilans spotkań 1-5, a w półfinale pokonał bez straty seta Juana Carlosa Ferrero. W finale zmierzył się z Maratem Safinem, zwyciężając 7:6(3), 6:4, 6:2. Zwycięstwo dało Federerowi nie tylko drugi tytuł wielkoszlemowy w karierze, ale również zapewniło mu pozycję lidera światowego rankingu.