Klasztor wyposażony został w infirmerię.
XV–XIX w. W 1441 roku dodano po stronie południowej nowy refektarz i dormitoria dla zakonników. Współczesny wygląd kompleks zyskał za pontyfikatu Sykstusa IV. Z polecenia papieża zbudowano w 1472 roku dwa narożne bastiony od strony Matki Bożej Anielskiej. W 1474 roku powstał dwupoziomowy renesansowy krużganek za absydą bazyliki, obecnie nazywany jego imieniem. Górną loggię zaprojektowali i . Na początku XVII wieku na polecenie Filipa III, króla Hiszpanii nad piętnastowiecznym dormitorium dobudowano piętro na potrzeby nowicjatu.
W latach 1745–1748 przebudowano duży refektarz według projektu . Drewniane więźby dachowe zastąpiono sklepieniem kolebkowym z lunetami. Autorem Ostatniej Wieczerzy w dużym refektarzu jest Francesco Solimena. Obraz powstał w 1717 rok. Refektarz zdobią dwadzieścia dwa owalne medaliony z portretami papieży, od Honoriusza III do Klemensa XIV dobroczyńców zakonu i bazyliki. Z 1760 roku pochodzi fresk autorstwa , przedstawiający Zatwierdzenie reguły. W zimowym refektarzu znajduje się Ostatnia Wieczerza z 1573 roku autorstwa asyskiego malarza .