Po 1798 roku klasztor i bazylika ucierpiały w wyniku polityki prowadzonej przez Napoleona (). Po zjednoczeniu Włoch magistrat asyski pozwolił jedynie trzynastu zakonnikom obsługującym bazylikę na pozostanie na miejscu i zamieszkiwanie w części klasztoru po stronie południowo-wschodniej. Od 1875 roku klasztor zamieniono na ogromny sierociniec. Franciszkanie konwentualni odzyskali cały obiekt w 1926 roku, dzięki zabiegom ich ministra generalnego .
XX–XXI w. Od czasu promulgacji motu proprio Benedykta XVI Totius Orbis z 9 listopada 2005 roku działalność duszpasterska prowadzona w Sacro Convento, jak również w bazylice, zależy bezpośrednio od miejscowego biskupa.
Na terenie Sacro Convento mają swoją siedzibę: Archiwum muzyczne bazyliki i klasztoru Archiwum historyczne Biblioteka Sacro Convento Wydawnictwo (CEFA) Muzeum Skarbca Redakcja periodyku „San Francesco patrono d’Italia”
Dzieła sztuki Ostatnia Wieczerza (1717), płótno Francesca Solimeny w dużym refektarzu Błogosławiony Bonawentura z Potenzy (1776) Ekstaza św. Józefa z Kupertynu (1753–1767), Andrea Benedetto Fornioni z Imoli Męczeństwo św. Urszuli (koniec XVI w.