W szeregach niemieckiej armii odnotowano ponadto poważne problemy z dyscypliną, czego konsekwencją były liczne rabunki i gwałty.
Jednocześnie w ślad za armiami Wehrmachtu podążały Einsatzgruppen, które na świeżo zajętych terenach przeprowadzały masowe aresztowania i egzekucje. Ich ofiarami padali przede wszystkim przedstawiciele tzw. polskiej warstwy przywódczej oraz Żydzi.
Szacuje się, że między 1 września a 25 października 1939 roku, czyli do momentu zniesienia zarządu wojskowego na okupowanych ziemiach polskich, Wehrmacht, SS, Ordnungspolizei, Volksdeutscher Selbstschutz i inne niemieckie formacje przeprowadziły 714 egzekucji, w których zamordowano około 16 tys. cywilów. Ponad 12 tys. ofiar, czyli blisko 75%, zostało zamordowanych jeszcze we wrześniu 1939 roku. Co najmniej 3 tys. wziętych do niewoli żołnierzy Wojska Polskiego zamordowano z dala od działań bojowych. Ponadto nawet do kilkudziesięciu tysięcy cywilów poniosło śmierć na skutek niemieckich nalotów lotniczych i ostrzału artyleryjskiego.