50 znalezionych po raz pierwszy w Polsce, a 22 opisano jako nowe.
Był kierownikiem 20 grantów finansowanych przez KBN, NCN oraz dwie instytucje zagraniczne. Był jednym z dwóch reprezentantów Polski w międzynarodowych programach COST Action 821 Arbuscular mycorrhizas in sustainable soil-plant systems (1993–1998) i COST Action 838 Managing arbuscular mycorrhizal fungi for improving soil quality and plant health in agriculture (1999–2004). Od 2013 jest delegatem Polski w programie FA COST Action FA1206 Strigolactones: biological roles and applications.
Janusz Błaszkowski jest autorem lub współautorem 158 oryginalnych prac naukowych, w tym 58 wydanych w zagranicznych międzynarodowych czasopismach naukowych, anglojęzycznej monografii „Glomeromycota”, 5 skryptów dla studentów kierunków architektura krajobrazu, ochrona środowiska, ogrodnictwo i rolnictwo oraz 3 witryn internetowych. Prowadził warsztaty i wykłady dotyczące identyfikacji grzybów na uniwersytetach w Adanie, Dijon, Hawanie, Lizbonie (2-krotnie) i Recife oraz w rodzimej uczelni z naukowcami z Grecji, Iranu, Norwegii, Omanu, Szwajcarii i Węgier.