Janusz Błaszkowski wypromował 6 doktorów i 18 magistrów inżynierów. Recenzował 5 wniosków o tytuł i stanowisko profesora, 6 rozpraw habilitacyjnych, 6 prac doktorskich i ok. 70 artykułów, w tym 40 dla czasopism naukowych m.in. z Niemiec, Wielkiej Brytanii i USA oraz 30 projektów naukowych przesłanych do oceny przez KBN i NCN. Był recenzentem rozdziału książki wydanej przez Gustav Fischer Verlag (Niemcy).
Wybrane publikacje Arbuscular fungi and mycorrhizae (Glomales) of the Hel Peninsula, Poland. „Mycorrhiza ” 1994, 5, s.71–88Janusz Błaszkowski. Arbuscular fungi and mycorrhizae (Glomales) of the Hel Peninsula, Poland. „Mycorrhiza ”1994, 5, s.71–88 (dostęp 10.03.2025) Glomeromycota. W. Szafer Institute of Botany, Polish Academy of Sciences, Kraków 2012. ISBN 9788389648822 Experimental assessment of forest floor geophyte and hemicryptophyte impact on arbuscular mycorrhizal fungi communities. „Plant Soil” 2022, 480, s.651–673 (wsp. Szymon Zubek, Kaja Rola, Katarzyna Rożek, Małgorzata Stanek, Dominika Chmolowska, Karolina Chowaniec, Joanna Zalewska-Gałosz, Anna Stefanowicz)Szymon Zubek, Kaja Rola, Katarzyna Rożek, Janusz Błaszkowski, Małgorzata Stanek (GEFiE), Dominika Chmolowska, Karolina Chowaniec, Joanna Zalewska-Gałosz, Anna Stefanowicz.