Bilans Bajdaka jako pilota wynosił ponad 2500 godzin nalotu na czterech różnych typach maszyn.
W czerwcu 1992 roku został mianowany zastępcą dowódcy pułku myśliwskiego w Starokonstantynowie na niepodległej już Ukrainie, której narodowi złożył 16 lipca przysięgę wierności. Jesienią został dowódcą jednostki.
W grudniu 1995 roku powierzono mu dowództwo dywizji powietrznej w Iwano-Frankiwsku. Bajdak studiował następnie na Narodowej Akademii Obrony Ukrainy, którą ukończył w 1999 roku, po czym w tym samym roku został zastępcą dowódcy 5 Korpusu Lotniczego. Dowództwo nad nim przejął w 2002 roku i sprawował je do roku 2004, gdy mianowano go szefem Dowództwa Sił Powietrznych „Południe”, był nim do roku 2006.
Od lipca 2006 do czerwca 2012 roku pełnił funkcję szefa Centrum Planowania Wykorzystania Przestrzeni Powietrznej Ukrainy i Regulacji Ruchu Lotniczego w Państwowym Przedsiębiorstwie Obsługi Ruchu Powietrznego Ukrainy, po czym powrócił do czynnej służby i 8 czerwca 2012 roku, na mocy dekretu prezydenta Ukrainy Wiktora Janukowycza został mianowany dowódcą Sił Powietrznych Sił Zbrojnych Ukrainy.