Motywacją Thiela do założenia firmy miały być zamachy terrorystyczne z 11 września 2001, a jej celem identyfikacja i ściganie terrorystów. Palantir w założeniu miał stworzyć produkt podobny do systemów antyfraudowych jednak przeznaczonych do zwalczania terroryzmu. Początkowo Palantir miał problem z pozyskaniem inwestorów. Przełom nastąpił w 2004 roku, inwestorami były fundusze venture capital (fundusz związany z amerykańską Centralną Agencją Wywiadowczą) oraz Founders Fund, które dofinansowały Palantir w wysokości kolejno 2 mln USD i 30 mln USD.
Firma rozwinęła swoje produkty przez programy pilotażowe In-Q-Tel, głównie skupiając się na tworzeniu manualnych systemów wzbogacania informacji (ang. data augmentation) bez wykorzystania sztucznej inteligencji w celu automatyzacji zbierania informacji.
W 2010 roku 70% klientów Palantir stanowiły agencje rządowe, a pozostałe 30% prywatne instytucje finansowe. W 2013 roku została opublikowana informacja, że aplikacje Palantir były używane w takich instytucjach Stanów Zjednoczonych jak CIA, DHS, NSA, FBI, CDC, Marine Corps, Air Force, , West Point i , jednak same US Army w tym roku korzystała z własnych narzędzi.