Predynastyczny Egipt pierwotnie składał się z szeregu małych, niezależnych od siebie politycznie wiosek. Ponieważ wiele bóstw w późniejszych czasach pozostawało silnie związanych z konkretnymi miastami i regionami, część uczonych sugerowała, że egipski panteon powstał wskutek stopniowego mieszania się ze sobą oraz rozprzestrzeniania kultów dawnych lokalnych bóstw, gdy odmienne społeczności konsolidowały się wraz z upływem czasu w coraz większe struktury państwowe. Inni natomiast argumentują, że najważniejsze predynastyczne bóstwa były, podobnie jak szereg innych elementów kultury egipskiej, od początku rozpowszechnione w całym kraju, pomimo istniejących wówczas podziałów politycznych.
Ostateczny krok procesu formowania się religii egipskiej stanowiło zjednoczenie kraju, w wyniku którego władcy Górnego Egiptu stali się faraonami sprawującymi władzę nad całym państwem. Wraz z osobami ze swego najbliższego otoczenia, zmonopolizowali oni prawo do interakcji z bogami, a władza królewska stała się głównym czynnikiem spajającym cały system religijny.