Niemiecka okupacja w 1939 roku zmusiła filharmonię do koncertowania na rzecz ówczesnego reżimu. W lutym 1941 roku, na rozkaz Josepha Goebbelsa, orkiestra wystąpiła gościnnie w Berlinie i Dreźnie. W trakcie wojny śmierć z rąk gestapo poniósł altowiolista Zdeněk Němec. Symbolem tożsamości narodowej oraz sprzeciwu wobec nazistowskiego reżimu stały się koncerty, podczas których wykonywano „Moją ojczyznę” (cz. Má vlast), poemat symfoniczny autorstwa Bedřicha Smetany. Wkrótce doprowadziło to do zakazu odgrywania tego utworu w całości (części „Tabor” i „Blaník” zostały objęte całkowitym zakazem wykonywania).
Czasy Rafaela Kubelikowa Rafael Kubelík został dyrygentem Filharmonii Czeskiej jesienią 1941 roku i już od czasów II wojny światowej odgrywał kluczową rolę w jej historii. Swój pierwszy koncert dyrygował w styczniu 1934 roku, mając wtedy zaledwie dziewiętnaście lat. W czasach okupacji wybierał utwory, które wzmacniały w mieszkańcach kraju wiarę i nadzieję na lepsze.