Tuż po wojnie, 21 czerwca 1945 roku Kubelík dyrygował „Koncert Dziękczynny”, na którym orkiestra ponownie zagrała „Moją ojczyznę” w całości. W listopadzie 1945 roku Filharmonia Czeska zorganizowała też koncert charytatywny dla gmin Lidice i Ležáky – terenów szczególnie dotkniętych nazistowskim terrorem. Dnia 22 października 1945 roku orkiestra, wciąż pod przewodnictwem Kubelíka, została znacjonalizowana. Od strony dramaturgii twórczość dyrygenta oscylowała głównie wokół muzyki nieobecnej w repertuarze czasów wojny – rosyjskiej, francuskiej i angloamerykańskiej. Niemniej jednak jego ulubionymi utworami pozostawały Medytacja nad chorałem św. Wacława, op. 35a kompozytora Josefa Suka oraz Taras Bulba autorstwa Leoša Janáčka. W 1946 roku Kubelík wraz z Filharmonią Czeską założył Międzynarodowy Festiwal Muzyczny Praska Wiosna. Gospodarze zagrali piętnaście z pięćdziesięciu koncertów w programie festiwalu.
Czasy Karela Ančerla i Václava Neumanna Uchodźstwo Kubelíka w 1948 roku oznaczało dla orkiestry początek okresu przejściowego. W tym czasie prowadzili ją Václav Neumann i Karel Šejna, usiłujący utrzymać wykonanie artystyczne na możliwie jak najwyższym poziomie.