W 1950 roku dyrektorem Filharmonii Czeskiej został Karel Ančerl, co spotkało się z dużym oporem ze strony orkiestry, która uznała jego nominację za akt motywowany politycznie. Dyrygent jednak, swą wytrwałością i talentem artystycznym, zdołał oczyścić atmosferę i zapewnić instytucji międzynarodowy rozgłos. Ančerl dyrygował orkiestrą filharmoniczną na sześćdziesięciu różnych wyjazdach koncertowych w dwudziestu ośmiu krajach świata.
Dyrygentura Neumanna rozpoczęła się w grudniu 1968 roku, owocując współpracą z wytwórniami płytowymi, dzięki którym powstały m.in. istotne w historii filharmonii nagrania utworów symfonicznych Antonína Dvořáka.
Powrót Kubelika W 1969 roku Filharmonia Czeska aktywnie sprzeciwiała się interwencji państw Układu Warszawskiego na Czechosłowację. Odbyły się m.in. koncerty upamiętniające Jana Palacha. W listopadzie 1989 roku instytucja wzięła aktywny udział w wydarzeniach Aksamitnej Rewolucji. Na koncertach orkiestra wykonała utwory symbolizujące pragnienie wolności i sprawiedliwości, m.in. zagrano IX Symfonię Beethovena na koncercie na rzecz Forum Obywatelskiego, który odbył się 14 grudnia 1989 roku.